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Soumission d'échantillon

Veuillez suivre les procédures ci-dessous pour soumettre vos échantillons pour fin d'analyse.

Instructions générales

Pour toute soumission d'échantillon, veuillez compléter le formulaire échantillon correspondant au type d'analyse que vous désirez. Si vous faites affaire avec nous pour la première fois, ou si vos coordonnées ont changé, veuillez aussi compléter le formulaire chercheur. Vous pouvez nous faire parvenir les formulaires par courrier électronique à proteomique@crchul.ulaval.ca.

Si vous devez nous envoyer vos échantillons par la poste, utiliser un service de courrier rapide (par exemple: FedEx ou Purolator) et envoyez vos échantillons en début de semaine pour éviter qu'ils ne passent une fin de semaine à température ambiante durant le transport. Utilisez l'adresse de nos informations de contact. Par exemple:

À l'attention de Sylvie Bourassa
Plateforme de Protéomique
R2-2710
2705 boul. Laurier
Ville de Québec, Qc, G1V 4G2

Pour les chercheurs du CHU de Québec, les paiements peuvent être effectués par transfert de compte. Les bons de commande et les cartes de crédit sont aussi acceptés.

Identification de protéines par spectrométrie de masse (LC/MS/MS)

Échantillons provenant de gel d'acrylamide:

Échantillons pour digestion en solution:

Pour la coloration au nitrate d'argent:

Identification de sites de modifications post-traductionnelles

Nous analysons des sites de modification post-traductionnelles sur une base régulière, entre autres les phosphorylations. Notre taux de succès est très bon pour les protéines enrichies ou partiellement purifiées.

Si vous voulez nous soumettre des échantillons pour ce genre d’analyse, une plus grande quantité de protéines à analyser est préférable (par exemple, une bande d’intensité moyenne à élevée en bleu de coomassie).

Nous avons besoin de la séquence en format électronique de la protéine potentiellement modifiée, car nous faisons la recherche directement dans cette séquence pour les sites de modification.

De plus, si des sites potentiels sont connus, nous pouvons augmenter les chances de succès en ciblant ces sites de façon particulière dans le spectromètre de masse. Par exemple, il se peut que le peptide phosphorylé soit présent mais en trop faible quantité pour être detecté et fragmenté. En ciblant le site en question, le peptide correspondant sera fragmenté de façon préférentielle s’il est présent. Nous pouvons cibler environ 5 à 10 sites par protéine.

Quantification relative par marquage isotopique (iTRAQ)

Les chercheurs intéressés à soumettre des échantillons pour une analyse quantitative iTRAQ sont d'abord priés de contacter le personnel de la plate-forme.

Pour ce type d'analyse le chercheur devra soumettre de 100 à 200 µg de protéines pour chaque condition étudiée. Lorsque la quantité de protéine disponible est plus faible, par exemple dans les cas d'immunoprécipitation, veuillez nous contacter.

Lorsque nous recevons les échantillons, les protéines sont généralement précipitées à l'acétone afin de concentrer les protéines et d'éliminer la plupart des tampons et détergents qui ont servi à l'extraction. Les protéines sont ensuite resolubilisées dans le tampon de marquage iTRAQ. La quantité de protéines dans les échantillons est alors déterminée par la méthode de Bradford sur un lecteur de plaque, puis une quantité identique de protéines pour chaque échantillon sera marquée par les réactifs iTRAQ. Le marquage iTRAQ requiert que les protéines soient présentes dans un solvant ne contenant ni amine primaire (Tris, bicarbonate d'ammonium, etc.) ni détergent. (Voir plus bas pour une liste de composés à éviter ou à proscrire et pour une liste de produits recommandés.)

Note importante:

Composés à éviter ou à proscrire dans le tampon de lyse utilisé pour extraire et solubiliser les protéines

Substances à éviter
Thiols (comme DTT ou mercaptoéthanol)Interfère avec l'alkylation des cystéines
Protéases activesInactive la trypsine (enzyme de digestion)
Amines primaires présentes dans:
  • Acétate d'ammonium
  • Bicarbonate d'ammonium
  • Citrate d'ammonium
  • Phosphate d'ammonium
  • Tartrate d'ammonium
  • AMPD (2-amino-2-methyl-1,3-propandiol)
  • Sel de bicarbonate aminoguanidine
  • AMP (2-amino-2-methyl-1-propanol
  • Éthanolamine
  • Gly-gly
  • Tampons Tris
Réagissent avec les marqueurs iTRAQ et interfèrent avec le marquage
Guanidine hydrochlorineInterfère avec l'IEF lors du fractionnement
SelsInterfèrent avec l'IEF lors du fractionnement

Substances à proscrire
Détergent NP-40Incompatible avec l'analyse par spectrométrie de masse
Détergent Triton X-100Incompatible avec l'analyse par spectrométrie de masse
NaCL > 150mMIncompatible avec l'analyse par spectrométrie de masse

Produits recommandés:

Tampons recommandés:
HEPES (40mM)HEPBSBES
HEPPSOBICINEMOBS
Boric acidMOPSCHES
PIPESDIPSOPOPSO
EPPSTampons phosphate (excepté le phosphate d'ammonium)

Détergents et dénaturants recommandés
CHAPS < 1%Urée < 7MSDS < 0.1 %
Tween-20Sodium déoxycholate
OG (octyl B-D-glucopyranoside)

Combinaisons testées:
40 mM HEPES, 120mM NaCl, 0.3% CHAPS, 1mM EDTA, cocktail d'inhibiteurs de protéases, pH 7.4
20 mM HEPES, 7M Urée, 100mM NaCl, 4% CHAPS, 0.05% SDS, 1mM PMSF, cocktail d'inhibiteurs de protéases, pH 7.4

Quantification relative ou absolue par MRM

Veuillez nous contacter!