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Foire Aux Questions

Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas à nous contacter.

Comment installer Scaffold?

  1. Ouvrez le site Web de Proteome Software, à l'adresse http://www.proteomesoftware.com/.
  2. Cliquez sur "Download Scaffold" à gauche de l'écran.
  3. Sélectionnez Scaffold pour Mac ou PC.
  4. Enregistrez le fichier d'installation sur le bureau de votre ordinateur.
  5. Exécutez (double-cliquez sur) ce fichier et suivez les étapes d'installation.

Comment visualiser les résultats avec le logiciel Scaffold?

Il s'agit d'un résumé rapide, le menu "Help" du logiciel permet d'obtenir plus de détails.

  1. Ouvrez un fichier résultat possédant l'extension .sfd.
  2. Sur le coté gauche de l'écran, cliquez sur "SAMPLES", ce qui vous permettra d'accéder à la liste des protéines détaillant leurs numéros d'accession, poids moléculaire et nombres de peptides uniques identifiés.
  3. Règle générale, le pourcentage de probabilité minimum doit être ajusté à 50% pour les protéines de même que pour les peptides (voir menu en haut de la page).
  4. L'option d'affichage (voir menu en haut de la page) doit être ajustée à "unique peptides".
  5. Si vous sélectionnez une protéine en particulier et cliquez sur l'icône "PROTEINS" à gauche, il apparaîtra dans la partie droite de l'écran la séquence des peptides identifiés. Si vous sélectionnez l'un ou l'autre de ces peptides, au bas de l'écran apparaîtra le spectre MS/MS, la séquence de la protéine ou une autre information dépendamment des onglets sélectionnés.
  6. Vous pouvez revenir à la liste des protéines identifiées en cliquant sur l'icône "SAMPLES".
  7. En plus de la liste des protéines, cette page présente des liens (vers NCBI entre autres) pour obtenir de l'information supplémentaire sur les protéines identifiées.
  8. Il est possible d'exporter les résultats dans un fichier Excel. Il suffit d'aller dans le menu "EXPORT" et de sélectionner l'une des options offertes.